Altaïr, un assassin d'élite agissant en Terre Sainte à l'époque de la troisième croisade était tombé en disgrâce. Il dû exécuter plusieurs missions pour regagner son rang dans sa communauté.
Son descendant, Desmond Miles était retenu dans les laboratoires d'Abstergo Industries, une entreprise pharmaceutique, qui a également beaucoup d'autres champs d'activités, tant officiels qu'officieux. La société Abstergo avait développé le projet Animus, une machine capable de lire et de décoder la mémoire génétique, pour accéder à la mémoire d'un des aïeux de la personne qui se trouve dans la machine, et donc aux souvenirs de cet ancêtre.
Ils avaient enlevé Desmond Miles afin de se servir de lui pour retrouver un trésor perdu depuis des siècles. Desmond était forcé de coopérer avec les scientifiques qui menaçaient de le plonger dans le coma pour l'« utiliser » malgré tout s'il n'entre pas volontairement dans l'Animus.
Abstergo était en réalité une multinationale qui réunissait les Templiers du monde moderne et qui cherchait à changer le monde. Elle était à la recherche d'objets ayant des pouvoirs semblables à ceux de l'Orbe d'Eden, et projetaient de les envoyer en orbite autour de la Terre à l'aide de satellites pour contrôler la totalité de la population mondiale. Abstergo était prête à tout pour arriver à ses fins, et n'hésitait pas à commettre des enlèvements, des catastrophes écologiques, ou des meurtres.
Sur quantum, les descendant de Desmond et d'Altaïr, ont élaboré des technologies permettant de contrecarrer les projets malins d'Abstergo. Ils peuvent venger la mémoire de leurs aïeux et mettre fin à la tyrannie instaurée depuis leur disparition.